Narodil sa 10. apríla 1766 v Sedličnej pri Trenčíne, kde získal základné vzdelanie. Už na lýceu v Bratislave (1779–82) sa zaujímal o matematiku a fyziku a odtiaľ ho viedla cesta na vojenskú akadémiu do Viedenského Nového Mesta. Ako sedemnásťročného kadeta ho prijali do vojenskej kartografickej komisie, ktorá robila zememeračské práce pre prvé vojenské mapovanie v monarchii. Neskôr sa zúčastnil na ekonomickom mapovaní. Venoval sa aj štúdiu a príprave mapy Uhorska. Preto ho roku 1797 odvelili do Pešti, aby sa mohol sústrediť na túto náročnú prácu, v ktorej mu bol dobrým radcom matematik a astronóm František Zach, rodák z Bratislavy.
Aj keď v tomto čase bola už dosť rozpracovaná triangulačná metóda, bola veľmi nákladná, a preto sa Lipský obmedzil na astronomické určovanie polôh miest, pričom bol odkázaný na spoluprácu s mnohými astronómami. Keď na jar roku 1803 dokončil prvé štyri listy svojej mapy Uhorska, od kráľovskej kancelárie dostal koncesiu, aby sa mohlo začať s ryteckými prácami. Posledný list Lipského mapy vyšiel z tlačiarne roku 1808.
Mappa generalis regni Hungariae (Všeobecná mapa Uhorského kráľovstva, 1804 – 06) bola na vtedajšie časy na vysokej úrovni, veľmi presná a podrobná v mierke 1 : 469 472 a tvorilo ju dvanásť listov. Vydal k nej aj index a podrobný register s 36 000 heslami – názvami miest, dedín, lazov, hradov, riek, močiarov atď. v reči používanej v mieste (aj po slovensky). Slovenský osvietenec a literát Bohuslav Tablic o nej napísal: „Gak krásne mistrowské mapy onen učený Slowák obrsst Lipský pro Uhry a země k nim přináležegjcj wpracoval, w nichžto gména w gegich wlastenském gazyku wyložena gsou.“ Vedci ju vysoko hodnotili, ocenil ju aj Napoleon. Vyšla v mnohých vydaniach aj v zahraničí. Roku 1810 vyšla zmenšenina tejto mapy Tabula generalis… na jednom liste. Okrem tohto priekopníckeho diela Lipský vypracoval aj plán Budína a Pešti.
Zomrel 2. mája 1826 v rodnej Sedličnej a ako slobodomurár nedal sa pochovať na cirkevnom cintoríne, ale vo vlastnej záhrade.