Krypta je dlhá približne 60 metrov a široká asi dva metre. Pri vstupe sa rozdeľuje na menšiu časť s pozostatkami kanonikov, do dlhšej časti boli ukladané telá významných mešťanov. Nachádzajú sa v nej dva oltáre, jeden s obrazom Panny Márie Trnavskej, druhý s výjavom ukrižovania. Farský úrad ju plánoval sprístupniť už pred rokom, vtedy však zlyhalo osvetlenie. Cirkev pripomína, že veriaci môžu za určitých podmienok získať návštevou krypty odpustky pre duše zomrelých, ale zapaľovanie sviečok v podzemí farský úrad zakázal.
Bazilika skrýva aj oveľa staršiu kryptu priamo pod kostolom. V tej sú pochované cirkevné elity akými boli arcibiskup Pavol de Warda, ktorý presídlil ostrihomskú kapitulu do Trnavy, arcibiskupi Mikuláš Oláh, Anton Vrančič, Ján Katussy a ďalší. Do tejto krypty však už najmenej dvesto rokov ľudská noha nevstúpila.
Podzemné cintoríny sa nachádzajú takmer pod všetkými kostolmi v Trnave. Pre verejnosť sprístupňovali tú svoju pod Kostolom sv. Jakuba len františkáni. Vedenie mesta plánuje v prípade dohody s farským úradom otvárať kryptu pod bazilikou aj v priebehu roka pre záujemcov spomedzi turistov.